Doctorado Química

Programa Conjunto entre Universidad de Valparaíso y Universidad Técnica Federico Santa María

 

Grado: Doctor en Ciencias, mención Química
Régimen: Diurno – Tiempo completo
Duración: 4 años

Programa Acreditado 4 años, hasta agosto de 2021. Comisión Nacional de Acreditación. 

 

Organizado por:

Michael Seeger

Área principal:
  • Biodegradación
  • Biorremediación
  • Genómica Funcional de bacterias
  • Estrés Bacteriano
  • Compuestos Bioactivos.
Universidad: Universidad Técnica Federico Santa María
Profesor: De claustro
E-mail: michael.seeger@usm.cl
Año en que se integró al programa:
Dedicación Estimada:
Grado Máximo:

Doctor en Ciencias, mención Bioquímica y Biología Molecular / Universidad de Chile.

Año de graduación: 1996
Tesis dirigidas en los últimos 10 años:

7 de magíster, 9 doctorado dirigidas y  11 en desarrollo.

Michael Seeger es Doctor en Ciencias, mención Bioquímica y Biología Molecular graduado de la Universidad de Chile.

Publicaciones indexadas en los últimos 10 años:

Ver más
  1. Cámara, B., Herrera, C., Gonzales, M. Couve, E., Hofer, B. and Seeger, M. From PCBs to highly toxic metabolites by the biphenyl pathway. Env. Microbiol. 6: 842-850.
  2. Rivas, M., Seeger, M., Holmes, D. and Jedlicke, E. 2005. A lux-like quorum sensing system in the extreme acidophile Acidothiobacillus ferrooxidans. Res. 38: 283-297.
  3. Zielinski M, Kahl S, Standfuss-Gabisch C, Camara B, Seeger M, Hofer B. 2006. Generation of novel-substrate-accepting biphenyl dioxygenases through segmental random mutagenesis and identification of residues involved in enzyme specificity. Appl. Environ. Microbiol. 72: 2191-2199.
  4. Arredondo, T., Seeger, M., Dombrovskaia, L., Avarias, J., Calderón, F., Candel, D., Muñoz, F., Latorre, V., Agulló, L., Cordova, M., and Gómez, L. 2006. Bioinformatics Integration Framework for Metabolic Pathway Data-Mining. Lecture Notes in Artificial Intelligence 4031: 917-926.
  5. Chain, P., Denef, V., Konstantinidis, K., Vergez, L., Agulló, L., Latorre Reyes, V., Hauser, L., Córdova, M., Gómez, L., González, M., Land, M., Lao, V., Larimer, F., LiPuma, J., Mahenthiralingam, E., Malfatti, S., Marx, C., Parnell, J., Ramette. A., Richardson, P., Seeger, M., Smith, D., Spilker, T., Sul, W-J., Tsoi, T., Ulrico, L., Zhulin, I., Tiedje, J. 2006. Burkholderia xenovorans LB400 harbors a multi-replicon, 9.7 M bp genome shaped for versatility. Proceeding of the National Academy of Sciences USA 113: 15280-15287.
  6. Agulló, L., Cámara, B., Martinez, P., Latorre-Reyes, V. and Seeger, M. Response to (chloro)biphenyls of the PCB-degrader Burkholderia xenovorans LB400 involves stress proteins induced also by heat shock and oxidative stress. FEMS Microbiol. Lett. 267: 167-175.
  7. Cámara B, Seeger M, González, M., Standfuss-Gabisch C, Kahl S, Hofer B. 2007. Improved Oxidation of Polychlorobiphenyls by a PCR-Generated Hybrid Dioxygenase. Appl. Environ. Microbiol. 73: 2682-2689.
  8. Rivas, M., Seeger, M., Jedlicke, E. and Holmes, D. 2007. A second quorum sensing system in the extreme acidophile, Acidithiobacillus ferrooxidans. Environ. Microbiol. 73: 3225-3231.
  9. Martinez, P. Agulló, L., Hernandez, M, and Seeger, M. Chlorobenzoate inhibits growth and induces stress proteins in the PCB-degrading strain Burkholderia xenovorans LB400. Arch. Microbiol. 188: 289-297.
  10. Dinamarca, A., Cereceda-Balic, F., Fadic, X. and Seeger, M. Microbial simazine-degrading cells in soil: most-probable-number enumeration and tetrazolium salt detection in microtiter plates. Int. Microbiol. 10: 209-215
  11. Arredondo, T., Vasquez, F., Candel, D., Dombrovskaia, L., Agulló, L., Cordova, M., Latorre, V., Calderón, F. and Seeger, 2007. Dynamic penalty based GA for inducing fuzzy inference systems. Lecture Notes in Computer Science 4756: 957-966.
  12. Palma-Fleming, H., Cornejo, C., González, M., Pérez, V., González, M., Gutierrez, E., Sericano J. L. and Seeger, M. Polycyclic aromatic hydrocarbons and polychlorinated biphenyls from the coastal reef of Valdivia and Valparaíso regions, Chile. J. Chil. Chem. Soc. 53: 1393-1398.
  13. Pieper, D. and Seeger, M. Bacterial metabolism of polychlorinated biphenyls. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 15: 121-138.
  14. Hernández, M, Villalobos, P., Morgante, V., González, M., Reiff, C., Moore E. and Seeger, M. Isolation and characterization of a novel simazine-degrading bacterium from Chilean agricultural soils, Pseudomonas sp. MHP41. FEMs Microbiol. Lett. 286: 184-190.
  15. Hernández, M, Morgante, V., Flores, C., Villalobos, P., González, M., Miralles, P., Dinamarca, A. and Seeger, M. Modern approaches for the study of bioremediation of s-triazine herbicides in agricultural soils. J. Soil Sci. &Plant Nutr. 8: 19-30.
  16. Hernández, M, Morgante, V. Avila, M., Miralles, P. González, M., and Seeger, M. Novel s-triazine-degrading bacteria isolated from agricultural soils of central Chile for herbicide bioremediation. Electronic J. Biotechol. 11 (5). Available from Internet: http://www.ejbiotechnology.info/content/vol11/issue5/full/4/index.html. ISSN 0717-3458. DOI: 10.2225/vol11-issue5-fulltext-4.
  17. Seeger, M. and Espinoza, M. F. 2008. Highlights of Latin American microbiology: the 19th ALAM Congress. Int. Microbiol. 11: 289-292.
  18. Flores, C., Morgante, V., González, M., Navia, R. and Seeger, M. Adsorption studies of herbicide simazine in agricultural soils of the Aconcagua valley, central Chile. Chemosphere 74: 1544-1549.
  19. Morgante, V., López-López, A., Flores C, González M, González B, Vásquez M, Rosselló-Mora R and Seeger, M. Bioaugmentation with Pseudomonas sp. strainMHP41 promotes simazine attenuation and bacterial community changes in agricultural soils. FEMS Microbiol. Ecol. 71: 114–126. Erratum in FEMS Microbiology Ecology; Vol. 72(1), p. 152; Apr. 2010
  20. Saavedra, M., Acevedo, F., González, M. and Seeger, M. Mineralization of PCBs by the genetically modified strain Cupriavidus necator JMS34 and its application for bioremediation of PCB in soil. Applied Microbiology and Biotechnology 87: 1543-1554.
  21. Seeger, M., Hernández M., Méndez, V., Ponce, B., Córdova, M. and González, M. 2010. Bacterial degradation and bioremediation of chlorinated herbicides and biphenyls J. Soil Sci. &Plant Nutr. 10: 320-332.
  22. Seeger, M. and Soubes, M. 2010. Latin American microbiology at the independence bicentenary: the 20th ALAM Congress. Int. Microbiol. 13: 213-218.
  23. Rojas, L.A., Yañez, C., González, M., Lobos, S., Smalla, K., Seeger, M. Characterization of the metabolically modified heavy metal-resistant Cupriavidus metallidurans strain MSR33 generated for mercury bioremediation. PLoS ONE 6(3): e17555. doi:10.1371/journal.pone.0017555
  24. Méndez, V., Agulló, L., González, M., Seeger, M. The homogentisate and homoprotocatechuate central pathways are involved in 3- and 4-Hydroxyphenylacetate degradation by Burkholderia xenovorans LB400. PLoS ONE 6(3): e17583. doi:10.1371/journal.pone.0017583
  25. Hernández, M., Jia, Z., Conrad, R. and Seeger, M. 2011 Simazine application inhibits nitrification and changes the ammonia-oxidizing bacterial communities in a fertilized agricultural soil. FEMS Microbiology Ecology 78: 511–519.
  26. Ponce, B.L., Latorre, V.K., González, M. and Seeger, M. Antioxidant compounds improved PCB-degradation by B. xenovorans strain LB400. Enzyme and Microbial Technology 49: 509– 516.
  27. Arredondo, T., Candel, D., Leiva, M., Dombrovskaia, L. Agullo, L. and Seeger, M. 2012 Inference System using softcomputing and mixed data applied in metabolic pathway datamining. International Journal of Data Mining and Bioinformatics, 6(1): 61-85.
  28. Morgante, V., C. Flores, X. Fadic, M. González, M. Hernández, F. Cereceda-Balic and Seeger. 2012. Influence of microorganisms and leaching on simazine attenuation in agricultural soils. Journal of Environmental Management 95: S300-S305.
  29. Pérez-Pantoja, D., Donoso, R., Agulló, L., Córdova, M., Seeger, M., Pieper, D. H. and González, B. 2012. Genomic analysis of the potential for aromatic compounds biodegradation in Burkholderiales. Environmental Microbiology 14(5): 1091–1117.
  30. Overwin, H., González, M., Méndez, V., Seeger, M., Wray, V., Hofer, B. 2012. Dioxygenation of the biphenyl dioxygenation product. Applied and Environmental Microbiology 78 (12): 4529–4532.
  31. Altimira F., Yáñez, C., Bravo G., González, M., Rojas, L. A., Seeger, M. Characterization of copper-resistant bacteria and bacterial communities from copper-polluted agricultural soils of central Chile. BMC Microbiology, 12:193 doi:10.1186/1471-2180-12-193.
  32. Romero, M.J., Méndez, V., Agulló, L., Seeger, M. Genomic and functional analyses of the gentisate and protocatechuate ring-cleavage pathways and related 3-hydroxybenzoate and 4-hydroxybenzoate peripheral pathways in Burkholderia xenovorans LB400. PLoS ONE 8(2): e56038. doi:10.1371/journal.pone.0056038.
  33. Chirino, B, Strahsburger, E, Agulló, L. González M, Seeger, M. Genomic and functional analyses of the 2-aminophenol catabolic pathway and partial conversion of its substrate into picolinic acid in Burkholderia xenovorans LB400. PLoS ONE 8(10): e75746. doi:10.1371/journal.pone.0075746
  34. Fuentes, S., Méndez, V., Aguila, P., Seeger, M. Bioremediation of petroleum hydrocarbons: catabolic genes, microbial communities and applications. Applied Microbiology and Biotechnology 98: 4781–4794
  35. Urtuvia, V., Villegas, P., González, M., Seeger, M. Bacterial production of the biodegradable plastics polyhydroxyalkanoates. International Journal of Biological Macromolecules 70: 208–213.
  36. Parra, Carolina, Montero-Silva, Francisco, Moreno, Macarena, Henríquez, Ricardo, Flores, Marcos, Garín, Carolina, Correa, Jonathan, Seeger, Michael, Patricio Häberle. Bacterial Interaction with graphene- and hexagonal-boron nitride-coated surfaces. ACS Applied Materials and Interfaces 7: 6430−6437.
  37. Claverías, F., Undabarrena, A., González, M., Seeger, M., Cámara, B. (2015). Culturable diversity and antimicrobial activity of Actinobacteria from marine sediments in Valparaíso bay, Chile. Frontiers in Microbiology, in press.
  38. Overwin Heike, Standfuß-Gabisch Christine, González Myriam, Méndez Valentina, Seeger Michael, Reichelt Joachim, Wray Victor, Hofer Bernd. 2015. Permissivity of the biphenyl-specific aerobic bacterial metabolic pathway towards analogs with various steric requirements. Microbiology, in press.

Proyectos de investigación en los últimos 10 años:

  1. 2002-2005. FONDECYT. Proyecto 1020221 “Bases moleculares de la interacción de la bacteria Burkholderia sp. LB400 con (cloro) bifenilos y sus aplicaciones para mejorar la biodegradación de policlorobifenilos”. Investigador Responsable.
  2. 2002-2005. FONDECYT. Proyecto de cooperación internacional 7020221 “Bases moleculares de la interacción de la bacteria Burkholderia sp. LB400 con (cloro) bifenilos y sus aplicaciones para mejorar la biodegradación de policlorobifenilos”. Investigador Responsable.
  3. 2002-2005. Proyecto Unión Europea: EU – ICA4-CT-2002-10011: “Innovative approaches to understand complex microbial communities for eco-engineering the degradation of herbicides in stressed agricultural soils” Investigador Responsable UTFSM.
  4. 2007-2011. FONDECYT. Proyecto 1070507 “Estudio de las capacidades catabólicas de compuestos aromáticos de la bacteria modelo Burkholderia xenovorans LB400 y sus aplicaciones en la biorremediación”. Investigador Responsable.
  5.  2007-2008. FONDECYT. Proyecto 7070174 de Cooperación Internacional con el Dr. Víctor de Lorenzo, CNB, Madrid, España. “Estudio de las capacidades catabólicas de compuestos aromáticos de la bacteria modelo Burkholderia xenovorans LB400 y sus aplicaciones en la biorremediación”. Investigador Responsable.
  6. 2008-2009. FONDECYT. Proyecto 7080148 de Cooperación Internacional con el Dr. Bernd Hofer, HZI, Braunschweig, Alemania. “Estudio de las capacidades catabólicas de compuestos aromáticos de la bacteria modelo Burkholderia xenovorans LB400 y sus aplicaciones en la biorremediación”. Investigador Responsable.
  7. 2009-2010. FONDECYT. Proyecto 7090079 de Cooperación Internacional con el Dr. Bernd Hofer, HZI, Braunschweig, Alemania. Investigador Responsable.
  8. 2009-2014. Proyecto INNOVA CHILE- CORFO/OTRI CHILE. Proyecto O7CN13-IXM-112 Minería Inventa 2009 “Biorremediación de mercurio”. Investigador Responsable. Estimación >50.000.000 $ /100.000 US$/ 5 años.
  9. 2009-2014. CORFO 08APPI-2264: Apoyo a la protección de la propiedad intelectual. «Bacteria degradadora de herbicidas, un producto de biorremediación y un método de aplicación». 49.690.000 $ /100.000 US$/ 5 años.
  10. 2010-2011. FONDECYT. Proyecto 7100027 de Cooperación Internacional con el Dr. Bernd Hofer, HZI, Braunschweig, Alemania. Investigador Responsable.
  11. 2010-2012. BMBF (Alemania)‑CONICYT (Chile). Proyecto 2009-174: ”A novel chemo-enzymatic route to bioactive compounds”. Cooperación con el Dr. Bernd Hofer, HZI, Braunschweig, Alemania. Investigador Responsable.
  12. 2011-2015. FONDECYT. Proyecto 1110992 “Anabolism, catabolism and physiological adaptations to aromatic compounds of Burkholderia xenovorans LB400 and their biotechnological applications”. Investigador Responsable. 218.504 k$/436.000US$/ 4 años
  13. 2012-2014. BMBF (Alemania)‑CONICYT (Chile). Proyecto 2911-604: ”Synthesis of novel flavonoids through enzymatic transformations for enhancement of their bioactivity”. Cooperación con el Dr. Bernd Hofer, HZI, Braunschweig, Alemania. Investigador Responsable. 5.600K$/11.000 US$/2 años
  14. 2013-2014. Proyecto Fondequip. EQM130061.“Adquisición de un GC-MS para identificar moléculas producidas o modificadas por bacterias y su potencial biotecnológico”. Investigador responsable. 127.396 k$/2 años.
  15. 2015-2019. FONDECYT. Proyecto 1151174 “Novel insights on metabolic pathways of Burkholderia xenovorans LB400 and bacterial applications for bioremediation of organic pollutants and synthesis of biotechnological compounds”. Investigador Responsable. 216.000 k$ / 360.000US$ / 4 años.
  16. 2015. Proyecto USM 131562 “Characterization of bacteria and their application for biosynthesis of biotechnological compounds and bioremediation «. Investigador Responsable. 6.000 k$ /10.000 US$/ 1 año.
  17. 2013-2015. Proyecto Laboratorios KNOP-UTFSM “Estudio de compuestos bioactivos en las ovas del erizo marino Tetrapygus niger”. En conjunto con el Dr. Erwin Strahsburger Figueroa. 30.000 k$ / 60.000 US$ / 5 años. Director responsable desde 2013.